Prvi tragovi rada hrvatskih dušobrižnika na području Biskupije Innsbruck datiraju iz godine 1945. kada je hercegovački franjevac fra Berto Dragičević okupljao izbjeglice po izbjegličkim logorima i svake nedjelje s njima slavio Sv. Misu. U Innsbrucku je Sv. Misa slavljena u Crkvi sv. Ivana, a u drugim mjestima po "barakama".

Pod Misiju Innsbruck pripadala je pokrajina Vorarlberg. Važnija mjesta gdje se nalazio naš izbjeglički hrvatski narod bili su: Kematen, Landeck, Imst, Wörgl, Schwaz, Kufstein i Telfs. Godine 1947. u Innsbruck je došao fra Kruno Pandžić koji je zdušno pomagao fra Dragičeviću. Koncem godine 1949. fra Berto napušta Innsbruck i odlazi u Ameriku, a s njim i fra Kruno. Na njihovo mjesto dolazi fra Ivan Buzančić, dalmatinski franjevac, koji vodi pastoralnu skrb sve do 1966. god., te u jesen te iste godine odlazi u München. Iste godine (26.07.1966.) dušobrižništvo preuzima svećenik Zagrebačke nadbiskupije vlč. Juraj Kolarić. Rad dušobrižnika u Innsbrucku obavljao je do 01.09.1967.

Nakon toga, službeno od Biskupske konferencije,imenovan je svećenik Vrhbosanske nadbiskupije vlč. Marijan Kopić. Nakon Svetih misa u Innsbrucku i Hallu,vlč Kopić svake bi nedjelje putovao vlakom u Vorarlberg. Mise za hrvatske vjernike slavile su se u Dornbirnu i Feldkirchu. Socijalnu službu do 1969. god. vodila je Janja Kopić, a nju je naslijedila s. Paula Hepp.

Pastoralnu službu 12.05.1969. god. preuzimaju bosanski franjevci na čelu s fra Brankom Krilićem. On ostaje na toj službi do 10.07.1971. god. U jesen iste godine Misiju vodi fra Pero Skopljak, a pomaže mu fra Smiljan Radić. Njega je za kratko vrijeme naslijedio fra Mirko Tomas (od 04.09.1972. do 09.09.1973.). U to vrijeme njima pomaže i fra Mario Crvenka koji je preuzeo rad s mladima, kao i fra Zvjezdan Linić i fra Lucije Jagec.

Službu voditelja Hrvatske katoličke misije 1973. god. preuzima fra Hrvoje Duvnjak, a fra Smiljan Radić i dalje ostaje na službi kapelana. Od 16.07.1975. do studenog 1977. god. Misiju vodi fra Branko Neimarović, a na mjesto kapelana dolazi fra Anto Matković (01.09.1976.-1979.). U studenome 1977. god. za voditelja Misije dolazi fra Anto Kozina, a fra Anto Matković ostaje kao kapelan. Na njegovo mjesto kapelana dolazi fra Berislav Kalfić (lipanj 1981.), a nakon njega od ožujka 1982. fra Miroslav Cvitković. Njega kao kapelan nasljeđuje fra Drago Bagarić (od rujna 1984. god.). U njihovo vrijeme pastoralna djelatnica bila je gđa Marta Mažuran.

Od franjevaca Bosne Srebrene, Misiju preuzima novi svećenik Zagrebačke nad- biskupije vlč. Đuro Šprajcer. Vlč. Šprajcer vodio je Misiju od jeseni 1987. sve do ožujka 1993., a nakon preuzimanja nove službe u Njemačkoj, naslijedio ga je svećenik Vrhbosanske nadbiskupije vlč. Joso Filipović. Zbog teške bolesti 01.07.1995. god. predaje HKM župniku vlč. dr. Petru Babiću,također svećeniku Vrhbosanske nadbiskupije, koji vodi Misiju sve do 01.07.2011. god. Njemu su u pastoralnom radu pomagali studenti svećenici Mario Bernardić, Emanuel Petrov i Stjepan Radić. Nakon zaslužene mirovine, od vlč. Babića, HKM preuzima vlč. Mario Oršolić,svećenik Vrhbosanske nadbiskupije, koji ostaje do 2019. god.

Od rujna 2019. god. Hrvatsku katoličku misiju vodi msgr. Luka Kesedžić.

Današnje filijale su: Hall in Tirol, Schwaz, Jenbach, Mayrhofen i Reutte.

Sadašnje sjedište Misije je Crkva Petrus Canisius, u Santifallerstraße 5, u Innsbrucku. Na području današnje Misije, koja obuhvaća gotovo cijeli Tirol, procjenuje se da živi i radi od 8.000 do 10.000 Hrvata katolika. Iz razloga što je gotovo nemoguće prikazati točan broj Hrvata, to pitanje ostaje otvoreno.

Ono što je važno istaknuti je slijedeće: HKM Innsbruck ima status „Missio cum cura animarum“ tj. status personalne župe. Taj status dobila je 30.07.1972. god. Dekretom biskupskog Ordinarijata Innsbruck, a Dekret je potpisao tadašnji biskup Innsbrucka msgr. Paul Rusch.